Монгол Улсын Хүний эрхийн Үндэсний Комисс нь үйл ажиллагаагаа Стратеги төлөвлөгөөнд үндэслэн явуулдаг. Комиссын ажлын гол чиглэлүүдийн хэтийн төлөв, хүрэх үр дүнг тодорхойлох стратеги төлөвлөгөөг гурван жилд нэг удаа шинэчлэн баталдаг юм.  Энэ жил буюу 2012 оны 2 дугаар сард Комисс шинэ стратеги төлөвлөгөөгөө боловсруулан баталлаа. Төлөвлөгөөг шинэчлэхтэй уялдуулан Комисс эрхэм зорилго, уриагаа шинэчилсэн бөгөөд манай эрхэм зорилго нь “Хүний эрх, эрх чөлөөг хүндэтгэх, хамгаалах, хөхиүлэн дэмжих үйлсийг манлайлах” явдал юм.  Харин цаашид “Хүний эрх, эрх чөлөөг орон даяар, цаг ямагт, хүн бүрт” гэсэн уриатайгаар ажиллах болно.

Комиссын гишүүд, ажилтнууд нь хараат бус байр суурийг чанд баримталж, хүний эрхийн хэрэгжилтэд хяналт тавих, хамгаалах, хөхиүлэн дэмжих чиг үүргээ шинжлэх ухаанчаар, мэргэжлийн төвшинд явуулж, хэлэлцэж, зөвшилцөж, бусдаас тасралтгүй суралцаж, олон ургальч, хариуцлагатай, эвсэг, мэргэшсэн баг, тааламжтай ажиллах орчин бүрдүүлэх замаар эрхэм зорилгодоо хүрнэ гэж тус стратеги төлөвлөгөөнд тусгалаа.

Түүнчлэн Үндэсний эдийн засгийн хөгжлийг хүний эрхийн зарчимд нийцүүлэх, хүнд ээлтэй болгох, төрийн байгууллагуудын үйл ажиллагаанд хүний эрхийг хүндэтгэн сахидаг хандлагыг төлөвшүүлэхэд хувь нэмрээ оруулах нь Монгол Улсын Хүний эрхийн Үндэсний Комиссын 2012-2014 оны тэргүүлэх чиглэл байх юм.

Манай стратеги төлөвлөгөө нь дараахь зорилготой юм. Үүнд:

1. Хүний эрхийн асуудлаарх эрх зүйн зохицуулалт, төрийн бодлогыг боловсронгуй болгоход хувь нэмрээ оруулах;

2. Хүний эрхтэй холбоотой хууль тогтоомж, бодлогын баримт бичгийн хэрэгжилтийг сайжруулахад чиглэсэн үйл ажиллагаа явуулах;

3. Хүний эрхэд суурилсан, хүнд ээлтэй үндэсний эдийн засгийг хөгжүүлэхэд хувь нэмрээ оруулах;

4. Бүх нийтэд хүний эрхийн боловсрол олгох үндэсний тогтолцоог бэхжүүлэх;

5. Хуулиар хүлээсэн чиг үүргээ хараат бус, хариуцлагатай, мэдрэмжтэйгээр, мэргэжлийн түвшинд гүйцэтгэдэг хүний эрхийн үндэсний байгууллагын шинж чанарыг бэхжүүлэх явдал юм.